Selanjutnya, di tahun 1999, ia mulai menjabat sebagai Eselon I di Kementerian Uuran HAM, hingga akhirnya diangkat menjadi Menteri Pertahanan di era Presiden Gus Dur.
"Sejak era reformasi, tepatnya pada tahun 1999, saya ditarik ke Jakarta utk menjadi pejabat Eselon I di Kementerian Urusan HAM yang dipimpin oleh Menteri Hasballah M. Saad, utk kemudian diangkat sbg Menteri Pertahanan oleh Presiden Gus Dur," ucap Mahfud.
Baca Juga: Profil Singkat Natalius Pigai, Putra Papua yang Dikenal sebagai Aktivis HAM
Mahfud kembali mengucapkan terimakasih kepada rekan dan para sahabat yang telah menemani perjalanan hidupnya selama 22 tahun di Jakarta.
"Sejak itu, saya masih terus bertugas di Jakarta sampai sekarang dengan melewati berbagai pos. Sudah 22 tahun saya berkantor di Jakarta," ujarnya.
"Teman-teman dan sahabat semakin banyak. Saya sungguh berterimakasih atas persaudaraan dan persahabatan kita dalam seluruh perjalanan hidup saya. Sekali lagi, terima kasih," pungkas Mahfud. ***