Kemudian dibawa dan dimasukkan ke dalam sumur tua di wilayah lubang buaya di dekat Bandara Halim Perdanakusuma.
Jenazah Ahmad Yani bersama para jenderal lainnya yang menjadi korban diangkat dari sumur pada tanggal 4 oktober 1965.
Jenderal Ahmad Yani dimakamkan secara militer di Taman Makam Pahlawan Kalibata, Jakarta. Pemerintah Indonesia kemudian menganugerahkan gelar Pahlawan Revolusi kepada Jenderal TNI Ahmad Yani.