Di tahun 2010-2012, dirinya menjadi Tim Asistensi di Dirjen Otda Kemendagri ( Prof. Dr. Djohermansyah Johan).
Natalius Pigai menjabat Komisioner Komnas HAM RI, pada tahun 2012 sampai 2017.
Baca Juga: Rekrut Pegawai KPK yang Tak Lulus TWK, Ferdinand Sebut Langkah Stategis Jokowi dan Kapolri Mematikan
Sementara itu, Natalius Pigai juga aktif beberapa keorganisasian, diantaranya:
1. Ketua di Asosiasi Mahasiswa Papua (AMP) Internasional pada tahun 1997-2000,
2. Ketua Lembaga Studi Renaissance pada tahun 1999-2000,
3. Staf Yayasan Cinderela pada tahun 1998,
4. Staf Yayasan Sejati pada tahun 1999-2000.
Baca Juga: Sakirman, Kakak Mayjen S Parman Yang Memilih Berpihak Kepada PKI
Selain sebagai aktivis dan berkecimpung di organisasi, Natalius Pigai juga sempat menulis beberapa buku yang berkaitan dengan Tenaga Kerja Penyandang Cacat, Migrasi Tenaga Kerja Internasional, Evolusi Nasionalisme, Sejarah Konflik Papua, dan Anak Indonesia Terainaya: Status Kewarganegaraan Anak TKI di Malaysia.***