Baca Juga: BMKG Hari Ini, Prakiraan Cuaca Boyolali, Selasa 27 September 2022, Pagi Siang Sore Malam Berawan
Mayatnya kemudian dibawa ke wilayah lubang buaya di Halim Perdanakusuma. Tubuhnya bersama dengan para jenderal lain yang sudah dieksekusi dimasukkan ke dalam sumur tua dan ditimbun dengan batang pisang.
Jasad pahlawan revolusi ini baru dievakuasi pada tanggal 4 Oktober 1965. DI Pandjaitan kemudian dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata, Jakarta. Ia dianugerahi gelar Pahlawan Revolusi oleh pemerintah.