Setelah Indonesia merdeka, R. Suprapto kemudian bergabung dalam TKR (Tentara Keamanan Rakyat).
Ia terlibat langsung dalam pertempuran Ambarawa bersama Jenderal Sudirman melawan tentara Inggris.
Baca Juga: 14 Tahun SMK Negeri 1 Karangjambu Belum Miliki Gedung Sekolah, Ini Tanggapan Sekda Purbalingga
Setelah Belanda mengakui kedaulatan Indonesia, R. Suprapto ditugaskan menjadi Kepala Staf Tentara dan Teritorial (T&T) IV/ Diponegoro di Semarang.
Setelah itu ia pindah ke Jakarta menjadi Staf Angkatan Darat dan Kementrian Pertahanan.
Beberapa tahun kemudian, Pahlawan revolusi ini kemudian diangkat sebagai Deputi (Wakil) Kepala Staf Angkatan Darat untuk Sumatera yang berkedudukan di Medan.
Hingga kemudian ia kembali ke Jakarta menjadi salah satu perwira tinggi Angkatan Darat dengan pangkat Mayor Jenderal.
Pada tanggal 1 Oktober 1965 waktu dini hari, R Suprapto dijemput oleh Pasukan Cakrabirawa dengan dalih dipanggil menghadap Presiden Soekarno.
Baca Juga: Purbalingga Mulai Kembangkan Motor Listrik, Desember Targetkan Produksi 3 Unit
Suprapto kemudian dibawa ke daerah Halim Perdanankusuma tepatnya di lubang buaya.