Disana R. Suprapto disiksa dan kemudian di eksekusi mati. Menurut riset Indoleaks tahun 2010, R. Suprapto mengalami 11 luka tembak dan 3 luka tusuk yang menyebabkan ia gugur.
Jasadnya R. Suprapto ditemukan pada tanggal 04 Oktober 1965 dalam sumur tua yang sudah ditimbun setelah dilakukan evakuasi oleh anggota marinir.
Jasadnya kemudian dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata, Jakarta. S. Suprapto kemudian dianugerahi gelar pahlawan revolusi oleh pemerintah Indonesia.